Bioai Rizhi MCP Server

BioAI 日知 · 问象

聚焦 AI 虚拟细胞、类器官、虚拟胚胎、虚拟器官、AI 药物发现 的研究与产业资源站。新闻文章、公司黄页、学术进展、产业时间线、合作关系图和来源状态共用 PostgreSQL；保留问象原 Logo 和统一导航。

3.2 统计与搜索版（2026-10-08）： 管理员可查看网页浏览、匿名会话、点击和 MCP 实际工具执行；新增有来源的专题指南、本周收录概要与分页 sitemap。每小时采集、每日摘要、问象报纸首页和手机/PC 布局保持整合。统计口径见 使用统计，搜索入口与验证边界见 搜索建设；当前部署验收见 统计验收 和 搜索验收。

访问 BioAI 日知，公开源码在 MInsYang/bioai-rizhi，默认分支为 codex/bioai-resource-site。MCP 地址为 https://bioai-rizhi.pages.dev/mcp；当前验收与待观察项目见 统计验收、搜索验收 和 TODO。已登记到官方 MCP Registry，见 接入与登记说明。

能做什么

• 管理员统计看板：PV、匿名会话、点击、MCP 真实执行与耗时；支持 1/7/30 天，排除测试与已识别网页机器人，不补造历史流量。
• 有原始出处的专题指南、本周收录概要，Google 网站验证与 sitemap 提交，每日 08:35 IndexNow 变更通知。
• 报纸式头版与四个栏目导读；行业消息、合作与布局优先，学术作为研究依据。
• 五个专题的真实原文检索、来源链接、发表/收录日期；学术默认 17 期刊白名单加 AI 相关性，历史预印本仅在明确选择全部存档后检索。
• 国内外公司目录、官网、中英文及历史别名；包括新格元、寻因、诺禾致源。地区依据所在地/布局，不推断内外资股权。
• 后台来源归属、社交账号验证、原文证据定位、事件复核和明确合作关系录入。Hot 图只显示附有证据的已发布关系。
• 正式配置仅保留每小时第 7 分钟检查来源、北京时间 08:00 生成日报，无分钟诊断任务；小时派发链路已实测通过，手动日报接口和小时补偿实现已验证，每日专用回调尚未跨日观察。网页在有人使用时每 5 分钟检查新数据，闲置两分钟后暂停。
• 公开只读 MCP，提供文章检索、文章详情、公司搜索、公司档案、来源状态五项工具；网站内有“连接你的 AI”页面。
• 按主题 RSS、可分享的文章/公司/专题页、日报、sitemap、结构化网页信息与 llms.txt；本机关注 JSON 导入/导出。
• 行业候选自动发现、证据复核后发布；每日 09:23 北京时间加密备份并在 GitHub 临时 PostgreSQL 17 恢复验证，保留 7 天。

类器官和器官芯片可能属于实体生物模型，不自动称为 AI。虚拟胚胎检索保留计算模型与实验胚胎模型的区别。原文收录、主题标签、来源验证、编辑核验和同行评议分别标识。

部署架构

浏览器 / RSS / MCP 客户端
            ↓
Cloudflare Pages 短域名 → Service Binding → Worker + Static Assets
            ↓
Neon PostgreSQL（公司、来源、原文、证据、事件、任务）
            ↑
Cron → Cloudflare Queue → 单页采集 → 保存检查点

数据库任务带租约令牌、主机限流、失败退避、重复记录去重及来源撤销检查。队列丢失的到期任务可由下一轮派发恢复。采集适配器采用来源域名白名单、响应大小和超时限制；公司主页发现仍可通过本地 Python 工具运行。

Cloudflare 免费账户并非只能有一个网站，无需为本项目删除 ResearchHub。免费配额、上线步骤、成本与生产验收见 Cloudflare 部署说明 和 运维手册。不保证任意流量和内容规模都能免费运行。

本地运行

需要 Node.js 24+、Python 3.12+、PostgreSQL 17。测试账号需能创建独立测试数据库；测试拒绝远程数据库。

python3 -m venv .venv
.venv/bin/python -m pip install -r backend/requirements.lock
npm ci --prefix cloudflare/site
cp .env.example .env
# 设置本地 DATABASE_URL 和至少 32 字符的 ADMIN_TOKEN
.venv/bin/python scripts/manage.py migrate
.venv/bin/python scripts/manage.py seed
.venv/bin/python scripts/configure_focus.py --backfill
.venv/bin/python scripts/import_focus_supplement.py --apply
.venv/bin/python scripts/configure_industry.py --apply --import-candidates
node cloudflare/site/local.mjs

打开 http://127.0.0.1:8788/。后台位于 /#admin；管理员令牌仅保存在页面内存。local.mjs 使用真实 Worker 处理器和本地 PostgreSQL，其内存队列仅用于验收，不是生产调度器。

真实网络采集验收：

node cloudflare/site/local.mjs --ingest

若网络必须经过已配置的环境代理，Node 24+ 可加 --use-env-proxy。结果写入 docs/cloud-ingestion-e2e.json。抓取内容进入原文库，不能自动成为已核验新闻。不要同时启动旧 Python worker 和新的云端 consumer。

可选的 FastAPI 自托管模式保留在 backend/、deploy/，旧 HMAC 派发器保留在 cloudflare/dispatcher/；新云端方案使用 cloudflare/site/，不同时部署两套定时器。

数据与来源

原始任务书和两份不可替代的种子文件位于 docs/bootstrap；基础种子有 130 个实体。补充目录单独保存核验证据，原始种子文件保持不变。公司登记数量不等于已接入来源数量。

上线时将真实本地数据库恢复到新建的 Neon Free 项目（Singapore / aws-ap-southeast-1，PostgreSQL 17）空库：133 家公司、4,669 条 raw_items、4,012 条 public_resources；迁移 001–008 校验和核对通过。这是恢复验收时的计数，后续采集可能改变条数。

当前使用 PubMed、Europe PMC、Crossref 精选期刊元数据，以及公司官方 RSS 和限定路径的 Newsroom HTML。首轮与本轮云端状态分别保留，详见 期刊验证、行业来源审计 和 本轮验收。Tahoe 旧 RSS 的云端重试预算耗尽，现已停用云调度并保留历史真实原文；bioRxiv 直连仍停用。预印本不进入默认精选学术版。

public_resources 按明确的 PMID / DOI 去重已索引论文；不同预印本记录与原始版本信息仍保留。来源被撤销后，网站、RSS、日报和 MCP 的读取门槛同步生效。问象 Logo 见 品牌资产记录。

验证

.venv/bin/python -m pytest backend/tests -q
node tests/test_ui.cjs
BIOAI_TEST_LOCAL=1 npm test --prefix cloudflare/site
npm run check --prefix cloudflare/site

GitHub Actions 使用独立 PostgreSQL 17 服务运行检查，不依赖生产凭据。单元测试使用模拟边界条件；端到端抓取调用真实上游并写入本地 PostgreSQL。Wrangler dry-run 只验证构建，不等于生产部署或免费 CPU 额度验收。

本轮 JavaScript、Python、UI 契约及真实生产验证结果见 验收记录。Wrangler 构建、SDK 实测、Cloudflare 原生队列、跨日运行与费用样本分别报告，不能互相替代。个人 Codex 已配置短域名 MCP，其他客户端按接入文档配置。持续运行及长期免费容量仍需观察。

• 首次补录结果 / 六来源增量结果
• MCP 接入说明
• 官方 MCP SDK 客户端验收
• 生产验收记录
• 资源站价值与推广建议
• 上线缺口与真实来源清单